Baraja llegó al Rayo Vallecano el 8 de noviembre de 2016. Su balance es de tres victorias, cuatro empates y seis derrotas en trece partidos, que sitúan al equipo, transcurridas 26 jornadas, en la decimosexta posición con 28 puntos, sólo uno por encima del descenso.
Esta es la lista de entrenadores despedidos en Segunda, la jornada en la que sucedió y el equipo en el que militaban:
7ª Juan Eduardo Esnaider - Getafe
9ª Cosmin Contra - Alcorcón
11ª Luis Milla - Zaragoza
13ª José Ramón Sandoval - Rayo Vallecano
16ª José Luis Oltra - Córdoba
16ª Carlos Terrazas - Mirandés
17ª Fernando Vázquez - Mallorca
18ª José María Salmerón - UCAM Murcia
19ª Vicente Moreno - Nástic
21ª Claudio Barragán - Mirandés
26ª Rubén Baraja - Rayo Vallecano