Baraja, que sustituye a Miguel Rivero en el filial, ha desarrollado en el Real Valladolid toda su trayectoria como entrenador de la cantera desde que en 2014 se retiró en el primer equipo como jugador profesional.
La temporada recién finalizada ha dirigido al Juvenil A del Real Valladolid en el grupo V de la División de Honor.
Como jugador, Javier Baraja ha formado parte de las disciplinas del Real Valladolid B (2000-01), Real Valladolid (2001-2002), Getafe (2002-04), Málaga B (2004-05) y nuevamente Real Valladolid (2005-04).