El equipo del italiano Roberto Mancini, que la próxima semana se enfrentará a la Real Sociedad en la segunda jornada de la Liga Europa, selló la victoria en el último cuarto de hora del partido disputado en el Kuban Stadium.
Aleksandr Yerokhin abrió el marcador en el minuto 30 y seis después Dmitry Poloz marcó el segundo, que dejó sentenciado el choque.
El Zenit cayó eliminado días atrás en los dieciseisavos de final de la Copa rusa, superado en el lanzamiento de penaltis por el Dinamo San Petersburgo, de Segunda División.
La victoria en Krasnodar mantiene los cuatro puntos de renta que el Zenit, líder de la Liga, tiene sobre el Lokomotiv Moscú, que ganó en el campo del Rostov (0-1), en su partido de la undécima jornada.