Los doce campeones de grupo y los cuatro mejores terceros que pasan de la UEFA Champions League han sido cabezas de serie en el sorteo.
Los partidos de ida los días 16/17 o 23/24 de febrero, y en casa los de vuelta los días 8/9 o 15/16 de marzo.
Estos son los emparejamientos:
Fenerbahçe - Lokomotiv Moskva
Anderlecht - Olympiakos
Midtjylland - Manchester United
Sparta Praha - Krasnodar
Sion - Braga
Olympique de Marsella - Athletic
Sporting CP - Bayern Leverkusen
Saint Etiénne - Basilea