Fran Vélez llegó al Almería en la temporada 2013-14 para jugar en el filial rojiblanco, con el que disputó 26 partidos, aunque los cuatro últimos los jugó con el primer equipo en Primera División.
Francisco, entonces técnico almeriense, lo utilizó como titular en todos, aunque el último, frente al Athletic, acabó lesionado a los cinco minutos de iniciarse el encuentro.
Ya en la primera plantilla, estuvo jugando las últimas tres temporadas en las que disputó 17, 30 y 24 partidos, respectivamente, con solo un gol conseguido frente al Córdoba.