El equipo mendocino se impuso con goles del paraguayo Danilo Ortiz, a los 23 minutos, de Javier Correa, a los 52 y de Luciano Pizarro, a los 85.
El partido, jugado en el estadio Julio Humberto Grondona, de la provincia de Buenos Aires, se disputó sin público por decisión de la Agencia de Prevención de la Violencia en el Deporte (Aprevide).
Godoy Cruz jugó con mayoría de titulares, a pesar de que está en octavos de final de la Copa Libertadores y en la Liga argentina lucha por ingresar a los puestos de clasificación para la próxima Sudamericana.
El Tomba se medirá en los dieciseisavos de final con Newell's Old Boys, que goleó a Central Norte por 4-1.
Los otros cruces definidos de la próxima fase son Talleres ante Gimnasia y Esgrima de Mendoza, Independiente-Atlético de Tucumán, Sarmiento-Sacachispas, Huracán-Colón de Santa Fe, Atlético de Rafaela-Banfield, Rosario Central-Deportivo Riestra, Atlanta-Pacífico y Aldosivi-Vélez Sarsfield.
Por su parte Defensa y Justicia, Olimpo de Bahía Blanca, Lanús y Deportivo Morón esperan rival.
Todavía no tienen fecha programada los cruces de treintaidosavos de final Guillermo Brown-Chacarita, River Plate-Altas, San Lorenzo-Cipolletti, Unión-Nueva Chicago, Temperley-Sportivo Las Parejas, Argentinos Juniors-Instituto, Racing Club-Atlético Mitre y Boca Juniors-Gimnasia y Tiro.