De las seis ocasiones en las que no ha jugado en Europa, cuatro fueron las primeras que jugó en la elite del fútbol español, una en la campaña 2006-2007 al ser eliminado en la fase previa y la última la 2013-2014, al provenir de Segunda División.
Desde la temporada 03-04, en la que se estrenó en la fase final de una competición europea, solo ha fallado en dos de trece ocasiones.
En ese periodo, solo equipos como Real Madrid y Barcelona, que son fijos siempre en torneos continentales, mejoran esos registros del Villarreal, ya que los castellonenses se mantienen o mejoran el nivel de equipos como Atlético de Madrid, Sevilla, Valencia y Athletic Club de Bilbao.
De estas once campañas, en tres estuvo en la Liga de Campeones (temporadas 2005-06, 2008-09 y 2011-12), mientras que en la Copa de la UEFA jugó en las campañas 2003-04, 2004-05 y 2007-08 y en la Liga Europa en seis ocasiones, en las temporadas 2009-10, 2010-11, 2014-15, 2015-16 y la actual 2016-17.
Los mayores logros del Villarreal en Europa han sido alcanzar las semifinales, una en la Liga de Campeones perdida ante el Arsenal, otra en la Copa de la UEFA, en la que cayó ante el Valencia, y dos más en la Liga Europa, donde el Oporto y el Liverpool le impidieron jugar la final.
Además, el conjunto castellonense disputó cuatro ediciones de la Copa Intertoto, de las que ganó dos, lo que le permitió sus dos primeras apariciones en la Copa de la UEFA y la Liga Europa respectivamente.