La Segunda División B la disputan 80 equipos, repartidos en cuatro grupos de veinte. Se organiza de forma territorial, esto es, por proximidad, pero en ocasiones, por los ascensos y descensos, toca mover equipos de un grupo a otro.
Tradicionalmente, el Grupo I lo han jugado los equipos gallegos, asturianos, madrileños y canarios; el II, los vascos, castellanoleoneses, navarros y riojanos; el III ha sido para aragoneses, catalanes, valencianos y baleares; y el IV, para extremeños, andaluces, murcianos y los clubes de las ciudades autónomas de Ceuta y Melilla.
Los ascensos y descensos en la categoría del pasado curso han obligado a la RFEF a tener que retocar esta tradicional organización. La propuesta de la federación pasa por reubicar a los equipos de Melilla y las Islas Baleares.
La propuesta de la RFEF es la siguiente:
GRUPO I: Rayo Majadahonda, Atlético B, Castilla, San Sebastián de los Reyes, Internacional de Madrid, Las Rozas, Getafe B (MADRID), Pontevedra, Coruxo, Celta B, Ferrol (GALICIA), Oviedo B, Langreo, Sporting B, Marino de Luanco (ASTURIAS), Peña Deportiva, Ibiza, Atlético Baleares (BALEARES), Las Palmas Atlético (CANARIAS) y UD Melilla (MELILLA).
GRUPO II: Barakaldo, Bilbao Athletic, Leioa, Amorebieta, Real Sociedad B, Arenas, Real Unión, Alavés B (PAIS VASCO), Cultural Leonesa, Guijuelo, Unionistas, Valladolid Promesas, Salamanca, Burgos (CASTILLA Y LEÓN); Izarra, Tudelano, Osasuna B (NAVARRA), UD Logroñes, Calahorra, Haro (LA RIOJA).
Grupo III: Cornellà, Espanyol B, Lleida, Badalona, Barcelona B, Olot, Sabadell, Llagostera, Nàstic, Reus, Prat (CATALUÑA), Hércules, Villarreal B, Atlético Levante, Valencia Mestalla, Castellón, Orihuela, La Nucía (COMUNIDAD VALENCIANA), Ebro, Ejea (ARAGÓN).
Grupo IV: Recreativo de Huelva, Marbella, San Fernando, Sevilla Atlético, Linense, Sanluqueño, Recreativo Granada, Algeciras, Cádiz B, Córdoba (ANDALUCÍA), Cartagena, UCAM Murcia, Real Murcia, Yeclano (MURCIA), Talavera, Villarrubia, Villarrobledo (CASTILLA-LA MANCHA), Badajoz, Don Benito, Mérida (EXTREMADURA).