Noboa, de 33 años, tuvo que ser sustituido en el minuto 59 por el argentino Kranevitter tras agarrarse la rodilla con evidentes síntomas de dolor.
Nada más acabar el partido el técnico del Zenit, Serguéi Semak, ya se había mostrado muy pesimista al respecto, lo que fue confirmado este lunes por los médicos.
Noboa, uno de los héroes de la histórica remontada ante del Dinamo Minsk (8-1) en la Europa League, regresó esta temporada al Zenit tras una breve cesión en el Rubin Kazan.
El ecuatoriano no contaba para el italiano Roberto Mancini, pero se ganó la titularidad con el nuevo técnico haciendo pareja en la medular con el argentino Leandro Paredes.
El futbolista, que habla ruso de manera fluida, recaló en 2007 en el Rubin, con el que ganaría dos ligas, y después militaría en el Dinamo, el Rostov y en el Zenit.
El Zenit, que es líder indiscutible de la Liga Rusa con cuatro victorias en tantos partidos, aún no ha recuperado al delantero ruso Kokorin y al defensa argentino Mammana, que también se rompieron los ligamentos la temporada pasada.