El equipo balear se adelantó en el marcador del Cerro del Espino a los 8 minutos con un tanto de Javi Casares.
El Rayo Majadahonda consiguió darle la vuelta al resultado con los goles de Portilla (13) y Rubén Blanco (22) para establecer el 2-1 para los locales con el que se llegó al descanso.
A los tres minutos de la reanudación Rubén Jurado volvió a igualar el partido con el 2-2 que a la postre fue definitivo.
El Rayo Majadahonda y el Atlético Baleares, que buscan su primer título de la Copa RFEF para suceder en el historial del torneo al Real Unión, accedieron a la final tras eliminar respectivamente al Mérida y a la Gimnástica de Torrelavega.
El partido de vuelta se jugará el próximo miércoles, 13 de abril, en el campo Son Malferit de Palma.