Comenzó a jugar en las categorías más humildes de Argentina. Fue allí donde sufrió uno de los grandes traspiés a los que tuvo que hacer frente Pizzi para continuar su trayectoria para convertirse finalmente en futbolista profesional.
A los 18 años, en un entrenamiento, chocó con un portero y sufrió una grave lesión en el riñón. Una costilla le había perforado el órgano y se lo había dañado. Le operaron y tuvieron que extraérselo. Estuvo a punto dejar su carrera, pero finalmente decidió seguir jugando.
Con solo un riñón consiguió seguir progresando como futbolista y llegar a Europa, donde desembarcó en el Tenerife. Después de pasar por las filas de varios equipos, entre ellos el Valencia, firmó con el Barcelona, donde estuvo dos años.
En sus últimos coletazos como futbolista regresó a Argentina hasta que anunció su retiro en 2001. Años después, Pizzi volvería a la carga en el mundo del fútbol, pero esta vez desde los banquillos.
La Superliga fue también el escenario de su debut como entrenador. Pasó por Colón y San Martín antes de firmar por Universidad Católica. En 2013, el Valencia le dio la oportunidad de llegar a Europa, pero Peter Lim decidió relevarle del cargo un año después.
Y ahí le llegó el turno de las selecciones. Chile confió en él como relevo de Jorge Sampaoli. Con 'la Roja' consiguió aquella Copa América ante Argentina en 2016 que todavía se recuerda en el país. Tras no clasificarse para el Mundial de Rusia, Pizzi fue cesado.
Arabia Saudí, a finales de 2017, le dio la oportunidad de regresar al panorama internacional. Precisamente con el combinado oriental sigue vivo en la Copa Asia, donde se enfrentará a Japón en la fase eliminatoria.