Gonzalo Rodríguez inició su carrera en San Lorenzo, debutando con el primer equipo en el 2002. Después jugó en Europa, en el Villarreal y en la Fiorentina, hasta que regresó a San Lorenzo en el 2017. El defensor argentino anunció su retirada en junio del 2020.
En el conjunto argentino, donde anunció este martes su retirada a los 36 años, el zaguero ha dejado muestras, al principio y final de su carrera, de lo que ha sido capaz de hacer.