La primera vez que el ariete se enfrentó ante el conjunto del sur de Madrid fue en la temporada 2012-13, con la camiseta del Real Madrid. Allí, Morata marcó el primer tanto del encuentro en el minuto 3.
Poco más jugó el delantero en el partido, pues fue sustituido por Raúl Albiol cuando Sergio Ramos fue expulsado por doble amarilla antes de llegar a la media hora de encuentro.
En la siguiente temporada, en la 2013-14, el Rayo Vallecano volvía a visitar el Santiago Bernabéu. En aquella ocasión Morata salió desde el banquillo, pero tardaría poco en 'mojar'.
El delantero madrileño entró en el minuto 73 de un partido ya sentenciado. El propio Morata pondría la puntilla al partido cinco minutos después de entrar al campo. En total, 44 minutos para marcar dos goles.