Con un tanto de cabeza, Germán Mera adelantó a los 'azucareros' en el mintuo 28 tras un saque de esquina ejecutado a la perfección por Máyer Candelo.
David Lloreda puso el 2-0 en el tiempo de descuento del choque para cerrar el marcador y soñar con hacerse con un posible billete para los play off.
Tras otra derrota más, Junior se centra definitivamente en la Copa Sudamericana y se olvida de una nefasta Liga Águila II.