El club se enfrentó el 31 de mayo al Sporting de Lisboa en la final de la Copa de Portugal. A pesar de que los lisboetas estuvieron jugando en minoría con diez jugadores durante más de hora y media, ganaron el trofeo remontando un resultado de 0-2.
El equipo de la capital consiguió empatar en los últimos 10 minutos y ganó el encuentro en la tanda de penaltis.
Después del desastroso desenlace, el presidente del Braga, António Salvador, envió un mensaje a sus aficionados expresando que la mayor parte de las veces, "la sorpresa es fruto de la incompetencia".
Este gesto no sentó muy bien al técnico, que el día 3 de junio profirió insultos y amenazas de agresión "de una forma tempestuosa" al presidente sin arrepentirse después.
El entrenador, que tenía contrato hasta el 30 de junio, "no tiene ningún vínculo" en la actualidad con el club. Conceição respondió en un comunicado a las acusaciones del club afirmando que tenía la conciencia "tranquila" y alegando que la versión de los hechos aportada por el Braga era "retorcida" y "falsa".
Conceição, de 40 años, solo ha durado una temporada como técnico del equipo después de entrenar a otros dos clubes portugueses, el Académica (2013-14) y el Olhanense (2012-13). El Braga quedó cuarto en la liga lusa, posición que le da acceso a la Europa League, y fue subcampeón de la Copa de Portugal.