Durante las últimas cinco temporadas, Daniel Pérez formó parte de Crucero del Norte, equipo con el que disputó un total de 43 partidos, siendo un pilar importante para su técnico.
Con anterioridad, el jugador pasó por Unión Santa Fe, club en el que se formó desde una temprana edad. Además, estuvo en el primer equipo durante seis años.
Actualmente, se marcha a Ferro Carril, que obtiene sus servicios para reforzarse de cara a la próxima temporada en la Primera B Nacional.