Llegó en enero de 2017, con apenas 21 años, al Nápoles. Venía de labrarse un nombre en Croacia, de firmar temporada y media espectacular en el Dinamo de Zagreb, pero en San Paolo no ha dado la talla.
En su primera media temporada no logró adaptarse, durante la 2017-18 fue suplente crónico y no llegó a los mil minutos en todo el curso, y en la siguiente, ante la falta de oportunidades, se marchó cedido en enero.
Se fue al Sevilla, y en España tampoco encontró su sitio en el mundo. Tras 13 partidos (cinco como titular), Marko Rog hizo las maletas y volvió a Nápoles, solo para volver a salir cedido, esta vez al Cagliari.
23 de julio de 2019
A Marko Rog aún le quedan dos años de contrato con el Nápoles, pero no volverá a San Paolo. El Cagliari tiene una obligación de compra a ejecutar al término de la próxima temporada. Entonces, Marko Rog firmará un nuevo contrato, por cuatro temporadas, con el club sardo.