Joao Pereira estuvo dos temporadas completas en el Valencia, en la 2012-13 y en la 2014-15. Jugó un total de 75 partidos y al finalizar su segundo curso, fichó por el Hannover 96.
Ahora, cumple su quinta temporada en el Trabzonspor, pero su periplo puede llegar pronto a su fin. 'Ajannspor' informó de que el portugués está en los planes del Göztepe, también de la Liga Turca.
En su actual club ha jugado 122 encuentros, segundo equipo en el que más participación ha tenido, después del Sporting Club de Portugal, en el que sumó 148 choques.
Luego de una carrera con 537 duelos, el lateral de 36 buscará llegar a los 600 en las últimas pinceladas de su trayectoria.