Hassenhüttl, de 51 años, llevaba desde mayo sin trabajo, tras pasar dos años en el banquillo del Red Bull Leipzig, de la Bundesliga.
El técnico austriaco ha firmado un contrato de dos años y medio y comenzará a dirigir a los 'saints' a partir de este jueves.
"Este entrenador nos ofrece un comienzo fresco. Rápidamente, Ralph apareció como el candidato ideal. Como técnico, personifica la pasión, las habilidades de comunicación, la ética de trabajo y el apetito de crecimiento por el que nos esforzamos en el Southampton", explicó el presidente del club, Ralph Krueger.
La destitución de Hughes llegó debido a la mala situación liguera del equipo, con el Southampton colocado en la decimooctava posición de la tabla, con nueve puntos.