Fran Manzanara llegó a Valencia en 2016, procedente del Atlético de Madrid. Esa misma campaña había jugado en calidad de cedido en el Jumilla, de Segunda División B.
El defensa manchego disputó 70 partidos, anotando un gol en las dos temporadas en las que ha jugado en el filial del Levante, con el que logró el ascenso a Segunda B.
16 de julio de 2018