Actualmente en el equipo B del Benfica, João Filipe hizo toda la formación en las categorías inferiores del club. Comenzó en el filial en 2007, recorriendo todos los escalones de competición desde benjamines.
La pasada temporada, disputó 15 partidos de liga y cuatro de la UEFA Youth League con el Benfica B.
Además, ha vestido la camiseta de las inferiores de Portugal en 34 ocasiones, marcando 13 goles. Fue campeón de Europa Sub 17 en 2016.