Calleja regresó al Villarreal 50 días después de ser cesado del Villarreal. Salió del club en diciembre de 2018 y en enero del 2019 volvió. Cumplió los objetivos y salvó al equipo, al que al año siguiente dejó en la quinta plaza.
Sin embargo, el club ya había acordado que Unai Emery sería el entrenador para la siguiente campaña, por lo que los méritos finales de Calleja quedaron en el aire. Finalmente, abandonó la entidad en julio de 2020.
Por esto fue cuestionado el ex entrenador amarillo en 'Radio Marca': "Me cabreó, sí. Pero ya es agua pasada. Hay que mirar al futuro. Tengo la conciencia muy tranquila de lo que he hecho y a partir de ahí tengo ganas de entrenar. No le deseo mal a nadie y mucho menos al Villarreal después de todo lo que me ha dado. En muy pocos años me han pasado muchas cosas".
También se refirió a Emery, con el que prefirió no hablar en sel pasado: "No hablé con él y tampoco tengo muchas ganas. No tengo nada que hablar; en su día mostró interés por hablar conmigo y yo en ese momento no pude ni tuve ganas".
Por último, Calleja alejó la opción de regresar, de momento, a La Cerámica: "No creo que se den ahora las circunstancias para volver. No me lo planteo. Ahora tienen una línea marcada muy clara. Aunque después de lo que me ha pasado, cualquier cosa es posible y ahora mismo mi cabeza está más en el presente y en otros equipos".
"Estoy aprendiendo y formándome. Aprovecho para estar con la familia, que luego no me lo permiten. Yo quiero entrenar y me han venido ofertas de fuera. No me cierro la puerta, pero hay que analizarlo bien todo", concluyó.