El colombiano Alexis Pérez y el argentino Daniel Villalba convirtieron por los 'Gallos' del entrenador Rafael Puente y por los visitantes descontó el uruguayo Jonathan Rodríguez.
Querétaro sacó provecho de la condición de local y se hizo con la pelota en el primer tiempo, en el que fue superior. Jordi Cortizo pisó el área en el minuto 13, pero fue Pérez quien le dio ventaja al equipo al anotar de cabeza en un tiro de esquina cobrado por el brasileño Camilo Sanvezzo.
Santos tuvo poco tino en el último cuarto de cancha, y aunque en la segunda mitad mejoró, en el 62' encajó el segundo gol con un elegante golpe de zurda de Villalba en los límites del área en un tiro de esquina.
A partir de ahí Querétaro se echó atrás en espera de un contragolpe y Santos concretó numerosas jugadas ofensivas liderado por el uruguayo Brian Lozano.
El portero brasileño Tiago Volpi salvó al Querétaro varias veces hasta que en el 89' Rodríguez se hizo con un rebote y remató de derecha para anotar el gol de los campeones que terminaron mejor, pero a los que no les alcanzó el tiempo para empatar.