Jünes sustituye al rumano Mircea Lucescu, que dejó su cargo el pasado 11 de febrero después de una racha de malos resultados y juego irregular, informó el rotativo Hürriyet.
"Se ha llegado a un acuerdo de cuatro años con Senol Günes que empezará el 1 de junio de 2019, y que abarcará la Eurocopa de 2020 y el Mundial de 2022", señaló la Federación en un comunicado.
Günes empezó su carrera como entrenador con el Trabzonspor (1993) y desde entonces ha entrenado a ocho equipos.
El entrenador ya tiene experiencia como seleccionador del equipo turco (2000-2003), al que capitaneó hasta la tercera posición del Mundial de 2002 en Corea y Japón, su mejor posición en la historia.
Como actual entrenador del Besiktas, Günes ha ganado dos copas de la Superliga turca.
Por otro lado, el presidente de la TFF, Yildirim Demirören, renunció a su cargo.
Demirören también preside el Demirören Holding, un conglomerado de empresas que posee el mayor grupo de medios del país.
El empresario ganó a mediados de febrero la licitación para gestionar Iddaa, la única compañía de apuestas legales de Turquía.
Desde entonces ha recibido numerosas críticas por presidir a la vez la Federación de fútbol y la mayor casa de apuestas del país.
En su declaración de renuncia, Demirören señala que renuncia tras siete años en el cargo como presidente de la TFF, para no ceder a "ninguna especulación" tras conseguir la licitación de la casa de apuestas.