En el Championship, el central ha sido una pieza clave en Ewood Park. Ha jugado para su equipo 32 partidos, en los que ha logrado dos goles y dos asistencias.
Duffy, que es internacional con Irlanda, se formó en las categorías inferiores del Everton y llegó a los 'Rovers' en 2014, después de una gran temporada en el Yeovil Town, donde estuvo cedido por los 'toffees'.