El centrocampista debutó el 6 de febrero de 2011 en la derrota por 2-3 ante Envigado. Desde aquel entonces, Macnelly Torres ha conseguido grandes números con Nacional: 107 victorias, 51 empates y 42 derrotas.
Tras 200 partidos, el centrocampista ha conseguido marcar 32 goles entre Liga, Copa Libertadores, Copa Colombia, Superliga y Recopa Sudemericana.
Su víctima favorita ha sido uno de los grandes rivales de Nacional, Independiente Medellín. A Torres se le han dado bien los clásicos paisa, marcando hasta cinco goles.
La ya leyenda 'verdolaga' ha conseguido levantar 10 títulos con Nacional: Liga 2011-I, Superliga 2012, Copa Colombia 2012, Liga 2013-I, Liga 2015-II, Superliga 2016, Copa Libertadores 2016, Copa Águila 2016, Recopa Suramericana 2017 y Liga 2017-I.