Jonny, de 19 años, debutó con el primer equipo en la tercera jornada de la temporada 2012-2013, en un partido entre el Celta de Vigo y el Osasuna de la liga en Balaídos.
La lesión de Hugo Mallo en enero de 2013 le permitió afianzarse en la primera plantilla, en la que ha ido ganando protagonismo en las últimas temporadas, hasta llegar a convertirse en un fijo para el argentino Eduardo "Toto" Berizzo, que ya lo ha utilizado tanto de lateral como de central.