Nainggolan, uno de los líderes del centro del campo de los romanos, sufrió un problema muscular a los 15 minutos de partido y, tras intentar seguir jugando, fue obligado a pedir el cambio al técnico Eusebio Di Francesco.
El internacional belga fue sustituido en el minuto 17 por el brasileño Gerson Santos Da Silva, que se situó al lado de Daniele De Rossi y el holandés Kevin Strootman.
Poco después del cambio, la Roma recibió el gol del 0-1, marcado por el centrocampista chileno del Bolonia Erick Pulgar a los 18 minutos.
La Roma viajará el martes a Cataluña, donde se medirá el miércoles con el Barcelona en la ida de los cuartos de final de la Liga de Campeones.