El equipo del sur de Tenerife supo mantenerse de forma consecutiva en la categoría hasta la campaña 1987-88, en la que obtiene el título de liga y logra el ascenso, por primera vez en su historia, a Segunda División B, con Valentín Toste de entrenador.
Tras cinco años consecutivos en la Segunda División B, descendió a la categoría provincial, tras una doble bajada, la deportiva, y la administrativa, al no poder asumir las deudas económicas con la plantilla y cuerpo técnico que incluso le llevaron al año siguiente a volver a caer a la categoría insular, la penúltima del fútbol provincial.
Pero en la campaña 2006-07 ganó la eliminatoria por el ascenso a la Unión Deportiva Balos, subcampeón de la provincia de Las Palmas, y pudo retornar a la categoría nacional, tras nueve años en Preferente y diecinueve fuera de la Tercera División.
El inicio en esa segunda etapa en Tercera fue duro para el club sureño y quedó al borde del descenso pero dos años después alcanzó la cuarta plaza, lo que le dio opción a disputar una nueva fase de ascenso.
De nuevo el Marino volvió a Segunda B y en la temporada 2012-13 coincidió con el Club Deportivo Tenerife y también con rivales de la talla del Real Oviedo y Unión Deportiva Salamanca pero los sureños volvieron a descender a la liga nacional en el ámbito de la comunidad autónoma de Canarias.
Los seiscientos partidos del Marino en Tercera le han dado dos campeonatos, un subcampeonato, un tercer y cuarto puesto, dos ascensos a la Segunda B, un descenso de esta categoría y en la actualidad un complicada situación clasificatoria en el campeonato, a tres puntos del límite del descenso.